Servicios en Bioinformática
Desde el diseño del estudio hasta la interpretación científica — análisis reproducibles, alineados con estándares Q1.
Consultoría en diseño de estudio
En BioSeryl creemos que la mayoría de los problemas en bioinformática no se originan en la secuenciación ni en el análisis, sino en un diseño de estudio deficiente.
Por eso trabajamos desde la base: definición de hipótesis, selección adecuada de muestras, control de sesgos y elección correcta de estrategias analíticas. Integramos bioinformática y ciencia de datos con rigor estadístico y criterio biológico, para construir estudios interpretables, reproducibles y capaces de generar conclusiones reales, no solo resultados computacionales.
Ver detalleDefinición de hipótesis y objetivos
Selección y tamaño de muestra
Control de sesgos y variables de confusión
Elección de plataforma y estrategia analítica
Cómputo para maximizar la realidad biológica
En la práctica, muchos análisis se limitan por falta de cómputo: se eligen parámetros "rápidos", se recortan bases de datos o se evita explorar alternativas. El resultado puede ser un pipeline eficiente, pero no necesariamente el más fiel al fenómeno biológico.
En BioSeryl trabajamos con lo más actualizado de la literatura científica y no ahorramos en cómputo. Contamos con una capa HPC que recibe tu tarea, la orquesta y la ejecuta en infraestructura de alto rendimiento (clústeres y supercomputadoras) de nuestros proveedores de cómputo cuando es necesario.
Esto permite evaluar parámetros y estrategias con criterio biológico (no solo computacional): QC y filtros, trimming, denoising, selección de bases de datos, ensamblaje/binning, rescoring y análisis de sensibilidad. Mejor cómputo → mejores algoritmos → ciencia más cercana a la realidad.
Modalidad publicación (coautoría): cuando el proyecto se orienta a manuscrito y hay contribución científica real por ambas partes, podemos trabajar bajo esquema de coautoría. En esa modalidad la propuesta se estructura como colaboración científica (no como una entrega puramente "por servicio"), porque los incentivos quedan alineados con la calidad publicable.
Beneficios típicos: metodología escrita en lenguaje de artículo, trazabilidad lista para revisión, figuras/tablas con estándar editorial y acompañamiento en discusión y respuesta a revisores. (La coautoría se define por contribución intelectual y criterios editoriales.)
Parámetros justificados (no elegidos "por rapidez").
Reproducibilidad: decisiones, versiones y trazabilidad.
Infraestructura HPC para cargas pesadas cuando aplica.
Entregables listos para discusión científica y publicación.
Servicios de análisis bioinformático
Análisis integrales desde el procesamiento y control de calidad hasta la interpretación científica y estadística, garantizando resultados reproducibles y alineados con estándares académicos internacionales.
Amplicon Sequencing (16S / ITS)
Análisis completo de diversidad microbiana: control de calidad NGS, denoising con DADA2 o clustering OTU, asignación taxonómica, diversidad alfa y beta, análisis de composición (ANCOM, LEfSe), modelos estadísticos multivariantes y figuras publicables. Pipelines en Qiime2 y R.
Shotgun Sequencing (WGS / Metagenómica)
Secuenciación masiva de genomas completos o metagenomas. Ensamblaje, binning, asignación filogenética, reconstrucción de vías metabólicas, perfilado funcional con HUMAnN y anotación con bases de datos actualizadas.
Bioinformática Estructural & Computacional
Modelado por homología y de novo, predicción, refinamiento y validación de estructuras 3D. Docking molecular proteína–ligando, proteína–proteína y proteína–ácido nucleico. Dinámica molecular clásica y avanzada: preparación de sistemas, equilibración, producción, análisis conformacional, estabilidad estructural, flexibilidad, energías libres y evaluación de estados funcionales. Análisis de variantes y mutantes, sitios activos y alostéricos.
Quimioinformática: cribado virtual, optimización racional de ligandos, análisis ADMET desde perspectiva estructural.
Control de Calidad NGS
FastQC, MultiQC, Trimmomatic, BBTools. Preprocesamiento y diagnóstico de datos crudos.
Transcriptómica (RNA-Seq)
Expresión diferencial (DESeq2/edgeR), enriquecimiento (GO, KEGG, GSEA), splicing, isoformas.
MAGs y Binning
Recuperación de genomas de metagenomas, binning múltiple (MetaBAT2, MaxBin2, CONCOCT).
Resistoma y Viroma
Genes AMR (CARD, ResFinder), virus, fagos, diversidad viral, AMGs.
Filogenómica y Pangenómica
Core/accessory genome, árboles ML (IQ-TREE2, RAxML-NG), selección, dN/dS.
Evolución Molecular y Datación
dN/dS, selección positiva (PAML, HyPhy), BEAST2, reloj relajado, estados ancestrales.
Single-Cell (scRNA-seq)
Seurat/Scanpy, clustering, tipos celulares, trayectorias, comunicación intercelular.
Llamada de Variantes (WGS/WES)
SNPs/indels/SVs (GATK, DeepVariant), anotación (ANNOVAR, VEP), priorización clínica.
Epigenética
ChIP-seq (MACS3, HOMER), ATAC-seq, metilación (WGBS, RRBS, arrays).
Lectura Larga (Nanopore/PacBio)
Ensamblaje de novo (Flye, Hifiasm), SVs, metilación directa, IsoSeq.
Proteómica y Metabolómica
LC-MS/MS, GC-MS, cuantificación LFQ/TMT, rutas metabólicas, integración multi-ómica.
GWAS y Genética de Poblaciones
Asociación (SAIGE, BOLT-LMM), imputación, estructura poblacional, TreeMix, ADMIXTURE.
Consultoría en Pipelines
Nextflow/Snakemake, Docker/Singularity, HPC/cloud, CI/CD, pipelines a medida.
Modelado de Proteínas
AlphaFold2/3, RoseTTAFold, docking (AutoDock Vina, HADDOCK), dinámica molecular (GROMACS).
Metagenómica Clínica
Patógenos, perfil AMR, virulencia, MLST, subtipificación en muestras clínicas.
Visualización y Dashboards
R Shiny, Python Dash, visualización multi-ómica interactiva, mapas metabólicos.
Formación especializada
Capacitación teórico-práctica en bioinformática, desde los fundamentos hasta pipelines avanzados.
Ponte en contacto
con nosotros
Cuéntanos brevemente tu proyecto o los datos que ya tienes (tipo de muestra, plataforma de secuenciación y objetivo del estudio). Nuestro equipo revisará tu caso y te responderá con una propuesta técnica y comercial ajustada.